Trabajos

Trabajo de redacción nº1:

Artículo de los PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences de EEUU): "The thioredoxin binding domain of bacteriophage T7 DNA polymerase confers processivity on Escherichia coli DNA polymerase I".
Autores: Ella Bedford, Stanley Tabor y Charles C. Richardson.

Se puede consultar en línea en el sitio web de los PNAS.

El artículo escrito por Bedford y sus colegas describe un análisis detallado de una forma modificada del fragmento de Klenow de la ADN polimerasa I de E. Coli (esta proteína es una porción de la ADN polimerasa I que incluye el dominio de la ADN polimerasa y la lectura y corrección ("proofreading") con actividad exonucleasa [3’->5’], pero carece de actividad exonucleasa 5’->3’). Un elemento clave del artículo es lograr el efecto de la adición de la tioredoxina en la procesividad de la ADN polimerasa modificada. Para ello, los autores emplean un experimento de procesividad distinto del que se ha descrito en clase. Comparar y contrastar los dos experimentos. ¿Cuáles son las ventajas y desventajas de cada enfoque?

Aunque los autores demuestran que la adición del dominio de unión de la tioredoxina (TBD) al fragmento de Klenow hace que la enzima modificada pase a depender de la adición de tioredoxina, el nivel de estimulación de la síntesis del ADN en el fragmento de Klenow modificado nunca alcanza los niveles de estimulación observados en la ADN polimerasa del T7. Basándose en los datos del artículo, describir a qué se deben fundamentalmente los elevados niveles de estimulación de la tioredoxina observados en la ADN polimerasa del T7, en comparación con los del fragmento de Klenow de la ADN polimerasa modificado por el TBD.

Dado que en el genoma T7 sólo hay un sitio en el que se puede cargar la ADN polimerasa del T7 (el origen de replicación del T7), ¿por qué sería útil para el fago una fuerte dependencia de la tioredoxina? (Pista: ¿Qué consecuencias tiene cargar una polimerasa de procesividad moderada en un origen?).

Indicaciones:

Las respuestas a las preguntas se deberán entregar en un escrito de 2 páginas a doble espacio y letra 12, con márgenes (superior, inferior, izquierdo y derecho) de 2,54 cm. Todos los escritos deberán estar alinados a la izquierda. ¡No hay excusa que valga!

El escrito debería exponer los puntos principales del artículo que tengan relación con la pregunta (no más de dos párrafos) y proponer una respuesta a la pregunta formulada. La calidad de la respuesta dependerá de la calidad de los argumentos que la sustenten, así como de la calidad de la presentación.

Criterios de evaluación:

1. El alumno ha sabido introducir el tema del artículo mediante un resumen claro y conciso de las conclusiones principales que se pueden extraer a partir de los experimentos presentados en el encargo de lectura.
2. El trabajo demuestra una clara comprensión de los experimentos presentados en el encargo de lectura.
3. El trabajo presenta un enfoque revelador para la(s) pregunta(s) en cuestión. Las respuestas están bien fundamentadas con argumentos lógicos basados en los datos del artículo.
4. El alumno ha respondido a la(s) pregunta(s) sin sobrepasar la extensión permitida.
5. El trabajo:
   1. Está bien estructurado; la primera frase de cada párrafo introduce el contenido del mismo, los párrafos se encuentran perfectamente enlazados entre sí y las ideas han sido expresadas con claridad.
   2. Sigue un desarrollo lógico.
   3. Presenta unas técnicas de composición y una gramatica correctas.